民主党の鳩山由紀夫代表が９月16日の衆参両院本会議で第93代の首相に指名され、同日夜に鳩山新内閣が発足、政権交代した。厚生労働相には長妻昭政調会長代理が就任した。長妻氏は「消えた年金問題」など不祥事を見抜く能力に長けるが、政策立案能力は未知数との指摘がある。医療崩壊や新型インフルエンザなど喫緊の課題にどのように対応するか注目される。

民主党マニフェストの医療関係部分では、救急、産科、小児、外科などの医療崩壊は「労働力不足が引き起こす過剰労働が大きな原因のひとつ」との認識に立って、医療費を増やす方針。このため10年４月の診療報酬改定の技術料部分（診療報酬本体）はプラス改定となる公算が高い。ただ、何でも引き上げるのではなく、具体例として、医師ら医療従事者の増員に努める医療機関の診療報酬（入院）を増額する、としている。また、医師養成数を1.5倍にすることや、地域医療計画を見直して「医療提供体制を再建する」ことなどを掲げている。

新型インフル対策では、診療・相談・治療体制の拡充やワクチン接種体制を整備する方針。そのほかマニフェストでは▽後期高齢者医療制度の廃止▽出産・治療などの無過失保障制度の創設▽がんや肝炎対策の拡充▽治療が長期にわたる患者の負担軽減を図るため、高額療養費制度を見直す――ことなどを示している。

医薬品関係では、ジェネリックの普及や子宮頸がんワクチンの任意接種に対する助成制度の創設などは記載しているものの、薬価制度改革や製薬産業に対する姿勢は触れていない。